In der Umwelt kommen Allergene fast überall vor, so zum Beispiel in Pollen, Tierhaaren, Insektengiften, Hausstaubmilben, Nahrungsmitteln und Arzneimitteln.
Allergene können bei Menschen eine Allergie auslösen. Derzeit sind etwa 20.000 solcher Allergie auslösenden Stoffe bekannt.
Allergene, die in Nahrungsmitteln vorkommen sind in der Regel Eiweiße mit einem hohen Molekulargewicht. Diese sind gegenüber der Magensäure und den Verdauungsenzymen relativ stabil. Solche Lebensmittel können mehrere Allergene beinhalten. Soja, zum Beispiel, besitzt 15 verschiedene Allergene.
Die wohl bekanntesten Allergene kommen in Pollen und Blütenstaub vor, etwa zehn Prozent der Bevölkerung in Deutschland leidet an einer
Pollenallergie. Die schlimmsten Allergie auslösenden Pollen stammen von Birke, Hasel, Erle, Roggen, Gräsern, Beifuß und Wegerich.